Sau khi mãn hạn tù vì tội giết người, Muraki – một trùm xã hội đen Yakuza cứng rắn trở về với thói quen cờ bạc cũ. Tại đây, anh gặp Saeko, một phụ nữ trẻ thuộc tầng lớp thượng lưu, đang tìm kiếm cảm giác mạnh. Sự xuất hiện của Saeko đã thổi một làn gió mới vào thế giới ngầm nghiêm khắc của Muraki.
Muraki trở thành người cố vấn của Saeko, đồng thời phải đối mặt với sự thay đổi quyền lực trong các băng nhóm mà anh từng thuộc. Trong quá trình này, anh bắt gặp một thanh niên bất hảo, nghiện ma túy, lảng vảng quanh các tụ điểm cờ bạc. Nhận thấy sự ham muốn vô độ của Saeko đối với những thú vui mãnh liệt có thể dẫn cô đến tự hủy hoại bản thân, Muraki cảm thấy cần phải bảo vệ cô.
Trong Pale Flower, ranh giới giữa tình cảm và thế giới ngầm trở nên mờ định. Câu chuyện xoáy quanh mối quan hệ giữa Muraki và Saeko, cũng như những biến động trong thế giới ngầm mà Muraki phải đối mặt. Lòng ham muốn và sự tuyệt vọng đan xen, tạo nên một bức tranh tối tăm và đầy cảm xúc.