Những Cô Nàng Hắc Ám xoay quanh cái chết đột ngột của Itsumi Shiraishi, nữ sinh giỏi nhất và nổi tiếng của trường trung học nữ sinh Seibo Maria. Cô rơi từ sân thượng của trường, để lại nhiều câu hỏi về nguyên nhân cái chết. Liệu Itsumi có tự sát, là nạn nhân của một vụ tai nạn, hay có ai đó đang làm hại cô?
Khi Itsumi được tìm thấy, trên tay cô cầm một bông hoa huệ trắng. Tin đồn nhanh chóng lan ra rằng một thành viên của Câu lạc bộ Văn học, nơi Itsumi担任 chủ tịch, có liên quan đến cái chết của cô. Bạn thân của Itsumi, Sayuri, tổ chức một cuộc họp câu lạc bộ để thảo luận về chủ đề “Cái chết của Itsumi Shiraishi”.
Câu chuyện dần dần hé lộ những bí ẩn và mối quan hệ phức tạp giữa các thành viên trong Câu lạc bộ Văn học. Cái chết của Itsumi Shiraishi không chỉ là một bi kịch mà còn là một sự kiện làm dậy lên những câu hỏi về tình bạn, lòng trung thành và những bí mật được che giấu.