Khu Rừng Thần Bí là câu chuyện xoay quanh cuộc sống của 3 đứa trẻ nhà Grace cùng mẹ khi chuyển đến căn nhà cũ của cụ cố Spiderwick. Việc di dời này không hề dễ dàng với các cậu bé, và mỗi người đều tìm cách thích nghi theo riêng cách của mình.
Jared, một trong ba đứa trẻ, bắt đầu nhận thấy những điều kỳ lạ xảy ra xung quanh ngôi nhà. Cậu tiến hành tìm hiểu và khám phá những bí ẩn đó. Trong quá trình này, Jared gặp con gia tinh Thimbletack, một sinh vật thú vị sống trong những bức tường của ngôi nhà.
Mặc dù đã được con gia tinh cảnh báo, Jared vẫn tiếp tục khám phá và phát hiện ra một cuốn sách lạ có tựa đề Hướng dẫn Tìm hiểu Thế giới Quanh bạn của Arthur Spiderwick. Cuốn sách này dường như nắm giữ những bí mật về thế giới xung quanh và có thể dẫn Jared vào những cuộc phiêu lưu kỳ thú trong Khu Rừng Thần Bí.