
“Ghost In The Shell Arise – Border 1: Ghost Pain” lấy bối cảnh vào năm 2027, một năm sau khi cuộc chiến tranh phi hạt nhân lần thứ tư kết thúc. Thành phố Tân Cảng vẫn đang chật vật với hậu quả chiến tranh khi liên tục hứng chịu những tổn thất đau đớn. Một trận bom do mìn tự hành gây ra đã tàn phá thành phố, và một thành viên quân đội liên quan đến vụ buôn bán vũ khí bị bắn hạ.
Trong quá trình điều tra, Daisuke Aramaki của Bộ phận An ninh Công cộng đã gặp Motoko Kusanagi, một hacker cấp độ người máy được giao cho Đơn vị Bí mật 501 của quân đội. Batou, một người đàn ông có “con mắt không ngủ”, bắt đầu nghi ngờ rằng Kusanagi là kẻ đứng sau vụ đánh bom. Song song đó, Thanh tra cảnh sát tỉnh Niihama Togusa đang theo đuổi hai vụ án riêng liên quan đến vụ bắn chết và giết gái mại dâm.
Motoko đang bị theo dõi bởi Kurutsu, người đứng đầu Đơn vị bí mật thứ 501 và các đặc vụ người máy. Những bí mật và nghi ngờ đang dần được phanh phui, tạo nên một bức tranh phức tạp về tội phạm và công lý trong thế giới của “Ghost In The Shell Arise – Border 1: Ghost Pain”, nơi mà ranh giới giữa con người và máy móc ngày càng mờ đi.