Người Nhện Siêu đẳng xoay quanh câu chuyện về Peter Parker, một cậu bé với quá khứ đầy bí ẩn. Cha mẹ của cậu đã biến mất, để lại cho cô chú nuôi. Sự tò mò về thân phận của bản thân và những điều chưa biết về cha mẹ luôn thôi thúc Peter.
Một ngày nọ, Peter tìm thấy tập tài liệu mà cha để lại. Từ đây, những manh mối dẫn cậu tới tập đoàn Oscorp và người cộng sự của ông. Tại đây, một tai nạn đã xảy ra, và Peter bất ngờ có được những siêu năng lực của loài nhện.
Với khả năng mới, Người Nhện xuất hiện bí ẩn trong lòng New York. Cậu sử dụng sức mạnh của mình để bảo vệ thành phố và tìm kiếm sự thật về cha mẹ. Hành trình của Người Nhện Siêu đẳng là một cuộc phiêu lưu đầy phấn khích và bất ngờ.