Thợ Săn Thành Phố: Căn Cứ Bí Mật Shinjuku xoay quanh Ryo Saeba, một tay bắn tỉa tài giỏi và cũng là thám tử tư đang hoạt động tại Shinjuku, Tokyo. Ryo có khả năng thiện xạ vô song nhưng anh bị ám ảnh quá mức bởi người khác giới. Công việc của anh thường bao gồm làm vệ sĩ và thực hiện nhiệm vụ cho khách hàng.

Ryo làm việc cùng với Kaori Makimura, mối quan hệ giữa họ không chỉ là đồng nghiệp mà còn sâu sắc hơn. Mới đây, họ nhận được yêu cầu từ Ai Shindo, một người mẫu xinh đẹp. Ai Shindo bị tấn công bởi những người bí ẩn và hiện đang nắm giữ chìa khóa cho một âm mưu lớn liên quan đến cả thành phố.

Nhiệm vụ của Ryo và Kaori là bảo vệ Ai Shindo và ngăn chặn âm mưu này. Với kỹ năng của mình, họ phải tìm cách giải quyết tình huống này một cách hiệu quả. Phim hứa hẹn sẽ mang lại những giây phút hành động, hài hước và thú vị khi Ryo và Kaori đối mặt với các thách thức.