Thiếu Lâm Tự Truyền Kỳ (Phần 3) là một bộ phim chính kịch, cổ trang, võ thuật nổi tiếng. Phim lấy bối cảnh thời kỳ Nam Bắc triều, một thời đại đầy chiến loạn và biến động.
Câu chuyện bắt đầu với Cơ Thần Quang, một vị cao nhân ngộ đạo, quyết tâm xa lánh hồng trần và quy y Phật môn. Ông đã quỳ trong tuyết 3 ngày 3 đêm, mong muốn được Đạt Ma phương trượng thâu nhận. Tuy nhiên, Đạt Ma vẫn nhất quyết từ chối, chỉ bảo rằng trời phải đổ tuyết hồng thì mới có thể chấp nhận ông. Với quyết tâm xuất gia, Cơ Thần Quang đã chặt đứt cánh tay trái của mình, và quả nhiên tuyết hồng đã rơi. Đạt Ma vì cảm kích lòng thành nên đã thâu nhận ông, đặt pháp danh là Tuệ Khả.
15 năm sau, Tuệ Khả trở thành đại phương trượng Thiếu Lâm, ông tĩnh tâm thanh tu và từ chối cả lời mời tiến cung thuyết pháp của Thái hậu. Tuy nhiên, triều đình vẫn tiếp tục gây áp lực lên Thiếu Lâm Tự, đề ra hàng loạt quy định mới và luật thuế mới. Chiến loạn liên tiếp, thiên hạ không yên, khiến cho việc tịnh tâm tu đạo trở nên vô cùng khó khăn. Tuệ Khả phương trượng và các đệ tử của ông phải đối mặt với những thử thách lớn, liệu họ có thể giữ vững niềm tin và lý tưởng của mình trong thời đại đầy biến động này?