Thám Tử Lừng Danh Conan 3: Ảo Thuật Gia Cuối Cùng Của Thế Kỷ xoay quanh vụ trộm bí ẩn liên quan đến Imperial Easter Egg, một tác phẩm nghệ thuật quý giá do nghệ nhân Faberge tạo ra cho hoàng hậu Nga nhân lễ phục sinh. Nhiều nhân vật tham gia vào vụ trộm này, bao gồm Kid, nhà nghiên cứu vương triều Romanov Hoshi Seiran, nhà buôn đồ cổ Inui, bí thư thứ nhất đại sứ quán Nga Serger Ovchinikov và nhiếp ảnh gia tự do Sagawa Ryu.
Khi siêu đạo chích Kid gửi thư cảnh báo, thanh tra Chaki triệu tập một cuộc họp khẩn với các thanh tra cảnh sát cao cấp để ngăn chặn vụ trộm. Hattori và Conan một lần nữa phải giải mã bí ẩn của Kid và tìm kiếm báu vật quý hiếm. Kid sử dụng những trò ảo thuật của mình để biến mất trong quá trình truy đuổi, khiến mọi người nghi ngờ liệu hắn có thực sự chết hay không.
Lâu đài Yokusuka dường như là nơi ẩn chứa câu đố về báu vật, và mọi người cùng lên thuyền đến đó. Tuy nhiên, nhiều nguy hiểm đang chờ đợi họ. Trong khi truy đuổi Kid, Conan và các nhân vật khác phải đối mặt với những bí ẩn và thách thức mới. Liệu họ có thể giải mã được bí ẩn và tìm thấy báu vật hay không?
Câu chuyện tiếp diễn với nhiều tình tiết bất ngờ và thú vị, hứa hẹn sẽ mang lại cho khán giả những trải nghiệm hấp dẫn và bất ngờ.