Trong một thế giới nơi hiện tượng phi vật chất hóa đang đe dọa biến mọi thứ thành kỹ thuật số, Netto và Rockman đã lên đường tìm kiếm giải pháp. Họ đã gặp cha của mình, Nhà nghiên cứu mạng Yuuichirou, người đã nghiên cứu về vấn đề này. Thông tin về một cuộc xâm lược trong máy tính của công ty ủy thác Trinity Brain đã được phát hiện, với mục tiêu phá hủy thế giới thực.

Netto và Rockman quyết định đi sâu vào lòng đất để phá chương trình gây ra sự cố. Tuy nhiên, họ sớm phát hiện ra rằng những kẻ thù cũ và mới đang chờ đợi họ. Trong cuộc chiến đấu gay cấn, cuộc sống mạng độc ác, Nebula Grey, đã thức tỉnh. Hiện tượng phi vật chất hóa sẽ không dừng lại trừ khi Nebula Grey bị đánh bại.

Trong hành trình của mình, Netto và Rockman phải đối mặt với nhiều thử thách và nguy hiểm. Với sự hỗ trợ của cha và các đồng đội, họ quyết tâm ngăn chặn Nebula Grey và khôi phục lại thế giới thực. Phim “Rockman.Exe: Hikari To Yami No Program” mang đến một câu chuyện hành động và phiêu lưu đầy thú vị, với các yếu tố khoa học viễn tưởng và hoạt hình đặc sắc.