Trong một thế giới nơi các Pokémon cổ đại từng sinh sống, quê hương của Genesect đã bị hủy diệt sau ba trăm triệu năm. Những sinh vật này đã tuyệt vọng tìm kiếm một nơi mới để gọi là nhà. Một Shiny Genesect dẫn đầu nhóm, cùng với Pokémon huyền thoại Mewtwo, lang thang đến Thành phố New Tork.

Tại đây, Genesect nhận thấy đường chân trời của thành phố giống với môi trường sống ban đầu của chúng và quyết định tiếp quản trung tâm thành phố. Chúng đuổi các Pokémon khác đi và đe dọa sự tồn tại của người dân địa phương. Cuộc đối đầu giữa thủ lĩnh Genesect và Mewtwo trong một cuộc đấu tay đôi xảo quyệt, nhịp độ nhanh, có thể phá hủy toàn bộ thành phố.

Satoshi và những người bạn đồng hành của anh ấy phải vào cuộc để cứu thành phố và hòa giải các Pokémon thù địch. Liệu họ có thể ngăn chặn cuộc chiến này và tìm ra giải pháp cho Genesect và các Pokémon khác? Câu chuyện về sự phiêu lưu và hành động sẽ diễn ra trong “Pokemon Movie 16: Gensect Thần Tốc – Mewtwo Thức Tỉnh”. Đây là một hành trình đầy phấn khích và thú vị về tình bạn và sự bảo vệ môi trường.