Sau sự kiện trước đó, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã rời đơn vị 501 và được tuyển vào Section 9 dưới sự dẫn dắt của Aramaki. Hiện tại, Section 9 vẫn đang trong quá trình hoàn thiện đội đặc nhiệm của mình.

Một kẻ thù bí ẩn đã phát động tấn công toàn diện vào hệ thống giao thông của thành phố. Trong tình thế cấp bách này, chỉ có Kusanagi và con Logicoma của mình có đủ khả năng ngăn chặn kẻ thù. Tuy nhiên, cô nhận ra rằng mình không thể đối phó với tình huống này một mình.

Kusanagi buộc phải tìm kiếm sự hỗ trợ để bảo vệ thành phố. Quá trình này sẽ giúp cô và Section 9 tiến gần hơn đến mục tiêu hoàn thiện đội đặc nhiệm. Liệu họ có thể ngăn chặn kẻ thù và bảo vệ thành phố? Câu chuyện về “Ghost In The Shell: Arise – Border:2 Ghost Whispers” sẽ tiếp tục cuộc phiêu lưu của Thiếu tá Kusanagi Motoko.