Bác Sĩ House (Phần 6) tiếp tục câu chuyện về tiến sĩ Gregory House, một bác sĩ nổi tiếng với khả năng chẩn đoán bệnh nhưng cũng có tính cách khó gần. Sau sự kiện ở mùa trước, House buộc phải thừa nhận rằng mình đã không còn kiểm soát được thực tại và không thể tiếp tục hành nghề y. Không còn lựa chọn nào khác, anh quyết định tự mình vào bệnh viện tâm thần để tìm kiếm sự giúp đỡ.
Tại đây, House bắt đầu hành trình hồi phục dài và đầy thử thách. Anh phải đối mặt với câu hỏi liệu có thể tìm thấy một phiên bản khác của sự tỉnh táo và bình thường hay không. Đồng thời, anh cũng phải cân nhắc việc có thể rời xa nơi làm việc, nơi đã khiến anh bất ổn về tinh thần nhưng cũng là chỗ dựa ổn định duy nhất trong cuộc đời.
Trong khi đó, tương lai của Khoa Chẩn đoán nổi tiếng tại Princeton-Plainsboro mà không có House là một dấu hỏi. Mối quan hệ giữa House và Cuddy cũng sẽ có nhiều thay đổi khi mối tình tưởng tượng của họ đã bị lộ. Liệu họ có thể duy trì mối quan hệ ổn định trong bối cảnh mới này? Những câu hỏi này sẽ được trả lời trong suốt hành trình của House.