Thoát Khỏi Biển Sâu xoay quanh cuộc hành trình của Quan Tử Huyên, một nhà nghiên cứu sinh học biển. Trong quá trình thực hiện nghiên cứu, một sự việc bất ngờ xảy ra khi con kỳ nhông khổng lồ đầu ngắn trong phòng thí nghiệm đột biến và làm bị thương một người rồi trốn thoát. Trước đó, cha của Quan Tử Huyên cũng biến mất trên một hòn đảo hoang vắng.
Cô bắt đầu tìm kiếm tung tích của cha mình và con kỳ nhông khổng lồ. Trên đường đi, cô gặp những người đồng hành, mỗi người đều mang theo những mối quan tâm và bóng ma của riêng họ. Họ cùng nhau lên thuyền và lên đường đến hòn đảo hoang vắng nơi cha cô biến mất.
Khi đến gần hòn đảo, họ gặp phải một con kỳ nhông khổng lồ hoàn toàn đột biến. Mọi người cố gắng chạy trốn và tìm nơi ẩn náu. Cuối cùng, họ dạt vào một hòn đảo hoang. Tại đây, Quan Tử Huyên phát hiện ra manh mối về người đột biến và cha cô. Hòn đảo hoang đầy rẫy những nguy hiểm, nhưng cuối cùng, những người sống sót cũng được giải cứu.