Trái Tim Bé Bỏng xoay quanh câu chuyện của Mai, một cô gái 16 tuổi sống ở vùng biển nghèo. Cô có tình cảm với Đen và anh chàng dự định hỏi cưới cô. Tuy nhiên, vì cuộc sống khó khăn, dự định của họ bị trì hoãn. Mai quyết định ra thành phố để học may và kiếm sống, nhưng cô bị lừa bán và trở thành gái điếm.
Mai sau đó phát hiện mình bị nhiễm HIV. Nhận ra sai lầm của mình, cô quyết định trở về nhà để ngăn em trai Minh không bước vào con đường tương tự. Minh đã nhìn chị Mai như một hình mẫu để thực hiện khát vọng đổi đời, và cậu mong ngóng một ngày được ra thành phố.
Dù đã trở về làng, nhưng Minh đã lên xe theo bà Tư ra thành phố, bất chấp sự ngăn cản của Mai. Câu chuyện của Mai và Minh hé lộ những góc tối của xã hội, nơi mà những ước mơ đổi đời có thể dẫn đến những hậu quả đau thương.